2005年12月26日，地铁3号线土建工程暨深惠路改造扩建工程开工动员大会在横岗车辆段隆重举行。

    2006年3月28日，地铁三号线公司与铁科院（北京）工程咨询公司签订《深圳市地铁3号线工程及国道205深圳段改建工程施工管理咨询服务合同》，合同规定铁科院（北京）工程咨询公司承担地铁3号线工程和国道205深圳段改建工程施工管理任务，从而使“小业主，大社会”建设管理模式贯穿于地铁3号线工程建设勘察设计、设计监理、设计管理、施工管理等整个过程。

    2006年4月3日，国家发改委对地铁3号线工可研作出正式批复。

    2006年4月6日，完成205国道深圳段改造扩建工程勘察设计招标，铁道第二勘察设计院／深圳市市政工程设计院联合体中标。

    2006年9月，3102标段施工单位北京城建集团有限公司进场，标志着地铁3号线土建工程施工正式启动。

    2006年9月，完成地铁3号线修改初步设计专家评审和政府审查。

    2006年10月，深惠路改造扩建工程初步设计通过专家评审和政府审查。

    2007年1月27日，地铁三号线公司与香港地铁公司签订《深圳市轨道交通3号线项目B部分工程建设管理委托协议》，港铁公司作为B部分工程业主代表参与3号线工程建设。

    2007年1月31日，地铁三号线公司与市政府签订《2007年轨道和路网建设任务责任书》，明确：地铁3号线工程红岭站—双龙站段2010年10月30日建成，红岭站—益田站段2011年6月30日建成，205国道深圳段改建工程2009年底通车。

    2月1日，公司召开由全体员工和项目建设单位代表参加的“迎大运誓师大会”，进行总动员，要求从国家的高度、历史的高度认识地铁3号线工程建设的重要性和迫切性，加大工作力度，合理科学安排目标工期，层层分解任务。区领导到会并作出重要指示。

    2007年3月30日，地铁3号线龙岗段及205国道深圳段改建前期工程誓师大会召开，前期工程责任单位与区政府签订《工期目标责任书》。

    3月26日，许宗衡市长率市主要领导及相关部门领导专题调研地铁3号线和深惠路扩建工程建设进展情况，充分肯定了地铁三号线公司在两项工程建设中所采用的管理创新模式及所取得的成绩。

    3月30日，龙岗区段前期工程代建单位和各管线业主单位、前期工程施工单位、监理单位分别与区政府签订了责任状，明确了工期要求。

    4月7日，地铁三号线公司召开中层以上领导参加的务虚会议。要求加强公司队伍建设，做到团结一致成合力，严格制度抓落实，鼓足干劲扬正气，发扬风格促和谐。

    4月28日，龙岗区代区长张备专题调研了地铁3号线和深惠路改扩建工程建设工作，并听取了三号线公司的工作汇报，充分肯定了“小业主，大社会”的管理模式，并明确提出了工作要求。